Le blog du Pr Folk

Par Pr Laurence Faivre, le 2 février 2017

Les données secondaires : qu’est-ce que cela veut dire ?

L’arrivée des nouvelles technologies de séquençage va permettre de séquencer l’ensemble de nos gènes afin d’aider au diagnostic d’une maladie génétique chez un individu.

Au-delà de l'identification du variant génétique recherché (c’est à dire de la variation qui peut exister par rapport à la séquence de référence du gène normal et être la cause de la maladie génétique étudiée), ce séquençage peut détecter de nombreux variants pouvant prédisposer à certaines maladies, la plupart d’entre eux ne donnant aucune prédiction individuelle.

Mais certains peuvent néanmoins être pertinents en termes de prévention pour la personne malade et/ou leurs apparentés. Ils peuvent :

• prédisposer à une maladie à révélation plus tardive et accessible à une prévention ou un traitement (mutations dites « actionnables »),
• donner des informations sur le risque de transmettre une maladie grave, accessible à un conseil génétique familial,
• aider à adapter un traitement en fonction de variants génétiques trouvés, qui peuvent renseigner sur une toxicité ou une absence d’efficacité de certaines thérapies. Ces données sont particulièrement utiles chez les patients atteints de maladies rares, ayant une forte médicalisation.

Ces variants, correspondant à des résultats non liés à la pathologie pour laquelle le test a été prescrit initialement, sont souvent appelés « données incidentales » dans la littérature Américaine, « résultats secondaires » dans la littérature Européenne,  ou encore « données non sollicitées », même si ce dernier terme contraste avec le fait que l’on a le choix de les rechercher ou non.

En effet, le Collège Americain de Génétique Médicale a été le premier à définir et proposer une liste minimale de 56 gènes prédisposant à des maladies à révélation plus tardives, accessibles à une prévention ou à un traitement  (considérés comme médicalement « actionnables »).  Au sein de cette liste de 56 gènes, si des variants pathogènes ou potentiellement pathogènes sont trouvés, les résultats de ces découvertes doivent être rendus par tous les laboratoires cliniques proposant des analyses de séquençage haut débit pangénomiques si le patient le souhaite.

Celui-ci aura préalablement été informé de cette possibilité de découvertes de données secondaires, il aura pu exprimer son souhait de savoir ou de ne pas savoir dans le consentement recueilli en amont de l’examen de séquençage. Ces gènes comprennent essentiellement des gènes prédisposant à des pathologies cardiaques héréditaires ou à des cancers.

Certains laboratoires proposent de rechercher des variants dans une liste plus complète de gènes actionnables, au sein desquels on identifie une mutation pathogène ou probablement pathogène chez environ 2% des patients des patients qui font une recherche de diagnostic par séquençage haut débit. .

En France, il n’y a pas à ce jour de recommandations nationales sur ce plan car ce type de séquençage haut débit, dit « pangénomique » est encore très peu accessible dans le cadre du soin. Il est à noter que l'interprétation de ces variants requiert du temps supplémentaire pour le personnel de santé, tant au niveau de l’information de génétique pré-test pour l’individu et post-test pouvant s’élargir aux apparentés, qu’au plan biologique. Il est indispensable d’évaluer les implications en termes d’organisation des soins et d’accompagnement des patients et de leur entourage.

La filière AnDDI-Rares s’intéresse particulièrement à ces questions, et a mis un place un processus de séminaire pour avancer sur cette problématique en articulation avec une journée pour travailler la question avec les patients et les associations.  Un projet de recherche a été également déposé sur la thématique.

Exemple d’un patient qui bénéficie d’un test génétique pour une recherche de prédisposition génétique à une déficience intellectuelle. Une prédisposition génétique à un trouble du rythme cardiaque héréditaire a également été identifiée, entrainant une proposition de surveillance et de traitement préventif.